在旅行的列车上,美雪(铃木杏饰)再次邂逅了金田一(松本润饰),并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜,一个木偶团长不幸被害。案发后,警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞,于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下,找寻犯罪嫌疑人,金田一等人也一同前往。后来,根据案情,嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中,探长想通过体重以缩小搜查范围。但是,一个女成员的意外死亡,却让金田一发现了隐藏的秘密,并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相…bbb 本片根据天树征丸的漫画改编,除上述特别版魔术列车杀人事件外,还包括以下6个事件,分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。